E.A. Plischke kehrte am 7. Juli 1963 nach Österreich zurück. Er wurde zum ordentlichen Hochschulprofessor für Architektur an die Akademie der bildenden Künste berufen und zwei Jahre später zu deren Rektor ernannt. Die Rückkehr war für E.A. Plischke nicht leicht. Er sollte nach wie vor die Nachwirkungen des NS-Regimes auf persönlicher Ebene sowie  in Bezug auf seine Stellung als Architekt zu spüren bekommen. So erhielt er beispielsweise keine ihm zuvor versprochenen und vertraglich zugesicherten öffentlichen Bauaufträge. Er baute lediglich zwei Einfamilienhäuser für private Auftraggeber.

Seine Ausrichtung verlagerte sich vom zuvor planenden und bauenden Architekten zum nun lehrenden Hochschulprofessor. Er nahm seinen Lehrauftrag sehr ernst und versuchte, den StudentInnen seine grundsätzlichen Vorstellung von Architektur zu vermitteln. Es war ihm dabei wichtig, sie in ihrer Selbständigkeit und freien Entfaltung zu unterstützen. Der Wandel in seiner Karriere war für ihn einerseits schmerzlich, andererseits erfüllten ihn die Erfolge, die er an der Entwicklung seiner StudentInnen ablesen konnte mit Befriedigung.