Ernst Anton Plischke wurde als Sohn des Architekten Anton Plischke und dessen Ehefrau Emma Plischke, geb. Pflanzer, am 26.6.1903 in Klosterneuburg geboren. Gemeinsam mit seiner jüngeren Schwester Grete wuchs er im Geburtshaus seiner Mutter am Rathausplatz auf, in dem der Großvater eine angesehene Tischlerei führte.

Im Alter von zehn Jahren zog die Familie aus diesem Haus aus, da es an die Gemeinde verkauft, abgerissen und - wie Plischke in seiner Autobiografie bemerkt - durch einen hässlichen Neubau ersetzt wurde. Seine weitere Jugend verbrachte E.A. Plischke in einem von seinem Vater neu gebauten Haus inmitten eines großen Grundstückes am Stadtrand, das heute unter Denkmalschutz steht. Dieser Umzug bedeutete für ihn eine tiefgreifende Veränderung in der Atmosphäre seiner Jugendjahre. Im Haus befand sich auch das Atelier seines Vaters, in dem E.A. Plischke auch beim Anlegen der Einreichpläne half. Bei Ausbruch des 1. Weltkrieges wurde der Vater zum Militär eingezogen, was das Ende der Privatpraxis bedeutete.

Volkschule und Gymnasium besuchte E.A. Plischke im Stift Klosterneuburg und schloss sich bald der damals entstehenden Jugendbewegung „Der Wandervogel“ an.